Finalización 2007 Juan Carlos Osorio se marcha y llega Martin Lasarte quien deja al club en la última casilla del Finalización asume como Técnico Mario Vanemerak exjugador que finaliza en la casilla 11 en la liga y dirige al equipo que llega a las semifinales de la Copa Sudamericana 2007 después de una buena campaña en las series con Atlético Nacional, Colo Colo y São Paulo serían eliminados por el Club América de México. En la reclasificación del año Millonarios quedaría quinto así jugaría la Copa Sudamericana 2007. Con la dirección de Juan Carlos Osorio en el Apertura 2007 luego de una buena campaña Millonarios clasifica en cuarto lugar y entra a semifinales donde lucha hasta el último partido del grupo donde cae frente al Atlético Huila que le quita el pase a la final.
Al año siguiente volvió a su antiguo club, para poder continuar en su ciudad con los estudios de medicina que había dejado aparcados para jugar en Madrid. Roberto Ovelar intercepta una intención de pase de Carlos Cuesta en salida, y al ver que Fernando Monetti se encontraba adelantado decide tirarle un balón englobado que termina convirtiendo en el gol para la ventaja y posterior victoria 2-1. Millonarios termina una mala racha de 7 años sin poder ganarle a Atlético Nacional en el Estadio Atanasio Girardot y además ganaría por primera vez en su historia el trofeo de la Superliga. El primer clásico que se disputó en la historia entre ambos equipos fue el 12 de septiembre de 1948 y la victoria se la llevó el Independiente Medellín superando al que en el momento se denominaba Atlético Municipal, 3-0, en el marco del primer campeonato disputado en Colombia.
En el año 2016 se enfrentarían en cuartos de final el embajador y el verdolaga, esta vez por el torneo Colombiano, en el cual ganó el azul en el partido de ida en la ciudad de Bogotá, con un marcador de 2-1, en el partido de vuelta en Medellín cayo 3-0 contra Nacional que jugo con toda nomina ya que no pudo disputar la final de Copa Sudamérica por el Accidente aéreo que sufrió el equipo brasileño Chapecoense. Ese mismo año (2011), y para evitar la quiebra, el club se había reconstituido en una sociedad anónima llamada Millonarios Fútbol Club, que sacó acciones a la venta y fue capitalizada, en la temporada 2011 clasificó a los cuartos de final del Apertura y Finalización pero quedó eliminado en semifinales.
La serie de penales quedó empatada 4-4 lo que hizo que el partido se definiera por la llamada muerte súbita la cual le dio la victoria a Millonarios por una atajada del arquero Luis Delgado. Sin embargo, el cuadro embajador solo logró empatar 0-0 con el Junior en Bogotá y quedó dependiendo del resultado del partido entre Deportivo Pasto y Deportes Tolima, el cual se jugaba a la misma hora. Grupo D, quedó primero superando a los equipos de Santa Fe, Centauros Villavicencio, La Equidad, Academia y Bogotá F. C., luego en octavos de final eliminó a Uniautónoma, en cuartos de final al Deportes Tolima, shop madrid en la semifinal al Junior y en la gran final al Boyacá Chicó.
En ambas campañas llegó a Cuartos de Final de la Copa Libertadores. En 1989 se compartieron de nuevo grupo en la Copa Libertadores de América. De esta forma se consolidó para la última fecha de los cuadrangulares como el único equipo del grupo que depende de sus mismos resultados para clasificar a la final. Para la temporada 2015/16 de la gestión del club se encarga un grupo de aficionados avilesinos, que forman una directiva para llevar las riendas de la entidad blanquiazul.
Ante esto el delegado del Montevideo Wanderers, Ricardo Le Bas, propuso que Uruguay adoptara asimismo un uniforme oficial, pero quien hizo suya la moción fue Héctor Rivadavia Gómez, quien en aquella época era el dirigente de la Liga Uruguaya de Football. El rival que lo esperaba era el Independiente Medellín. La mala racha de 15 años sin derrotar a Atlético Nacional en Medellín por torneo local terminó la tarde del 2 de noviembre de 2011 con un triunfo 2-0, con goles de Luis Mosquera y Edison Toloza. El estadio Luis Casanova fue del 24 de julio al 5 de agosto de 1992 sede de la Selección olímpica de España en los Juegos Olímpicos de 1992, juegos históricos en los que finalmente la selección conquistó por primera vez en su historia la medalla de oro en la final disputada en el Camp Nou el 8 de agosto.
Entretanto que sufrió su derrota más abultada el 23 de febrero de 1992, con un marcador de 3:7 (Goles para Santa Fe de Daniel Tilger x 3, Adolfo Valencia x 2, Francisco Wittingham y Félix Hurtado. El 16 de septiembre de 2007, Millonarios completo 100 victorias en sus enfrentamientos en el clásico bogotano ante Santa Fe en el clásico 248. En la actualidad el número de triunfos de Millonarios es de 124 contra 89 de Santa Fe, así que la diferencia de triunfos de los azules, sigue siendo de más de 30. Tendencia que se ha mantenido en los últimos años.
Volvió a ganar por 6:0 a Santa Fe, el 29 de agosto de 1954, con goles de Rubén Deibe, Liborio «Leticiano» Guzmán, Oscar Contreras Rossi y tres anotaciones de Julio «Stuka» Ávila. En la jornada 37 el Granada logra una valiosa victoria en San Sebastián donde derrotó por (0-3) a la Real Sociedad con goles de Youssef El-Arabi, Robert Ibáñez y Rubén Rochina. En el partido de ida consigue una ligera victoria tras un gol de cabeza de Matías De Los Santos, sentenciando el marcador de 1-0 a favor de los Albiazules. El 13 de diciembre del mismo año, el cuadro embajador y el cardenal se encuentran en la final del Torneo Finalización 2017. En el partido de ida, donde Millonarios ofició de local, se llevó la victoria tras un gol de cabeza de Matías De Los Santos.
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