En ese mismo año Millonarios disputó la tercera edición de la Copa Simón Bolívar 1972, este torneo internacional se jugó en 1973 debido a problemas entre la Federación Venezolana de Fútbol y el Instituto Nacional de Deportes, lo que provocó la desafiliación de Venezuela de la FIFA. Millonarios se enfrentó paradójicamente con América de Cali en Bogotá esa tarde Millonarios ganó 3-1 pero ese resultado sólo le alcanzó para mantener su cupo en la Copa Libertadores ya qué Atlético Nacional que ocupaba el tercer lugar amenazaba la posibilidad de Millonarios de participar en el certamen internacional.
Esa tarde Millonarios goleó 3-0 a los caleños pero en Medellín los verdolagas marcaron un gol faltando 10 minutos para el final lo que le bastó a Atlético Nacional para quitarle el título a Millonarios. Millonarios con nueve puntos ganó su título número 11 frente a su rival de plaza en Bogotá. Millonarios trato por todos los medios de conseguir el gol de la victoria pero no fue posible, debió esperar el final en Bogotá. El Apertura en final al América con victoria 3-1 en Bogotá y empate 0-0 en Cali; Ell Finalización con 40 puntos, cuatro de ventaja al Atlético Nacional; La Re-clasificación con 62 puntos, nueve más que Nacional y la máxima bonificación de 2 puntos.
69,25 puntos 21 menos que el primero América de Cali. Sin embargo, a la hora de jugar los cuadrangulares semifinales, y a pesar de ser el favorito, el equipo fue derrotado y terminó tercero, por debajo de Deportivo Cali e Independiente Medellín, quién a la postre clasificó para jugar la final contra Atlético Nacional. El club tomó como fecha para dicho evento la data fundacional de 1907, al ser cuando la directiva situó sus orígenes, acompañando desde entonces esa fecha a todo acto oficial.
Para la temporada 2015/16 de la gestión del club se encarga un grupo de aficionados avilesinos, que forman una directiva para llevar las riendas de la entidad blanquiazul. Ese mismo año (2011), y para evitar la quiebra, el club se había reconstituido en una sociedad anónima llamada Millonarios Fútbol Club, que sacó acciones a la venta y fue capitalizada, en la temporada 2011 clasificó a los cuartos de final del Apertura y Finalización pero quedó eliminado en semifinales.
En la temporada 1934-35, y bajo la dirección de Patrick O’Connell el club consiguió el que es hasta la fecha el mayor logro de su historia al proclamarse campeón de la Primera División. No será la primera vez que Zanelli se enfrente a un equipo de Primera División y es que en su etapa en Holanda, en el Willem II, disputó partidos de pretemporada contra el Olympique de Marsella y el Saint Etienne. La campaña total de García fue de 76 partidos jugados, 41 ganados, 20 empatados y 15 perdidos. El 26 de septiembre, Santa Fe goleó al Universidad 6-3. En ese momento alcanzó un total de 6 partidos ganados, 1 empate y ninguna derrota, 31 goles a favor y 14 en contra, y 13 puntos, a cinco de Millonarios.
Grupo D, quedó primero superando a los equipos de Santa Fe, Centauros Villavicencio, La Equidad, Academia y Bogotá F. C., luego en octavos de final eliminó a Uniautónoma, en cuartos de final al Deportes Tolima, en la semifinal al Junior y en la gran final al Boyacá Chicó. Sin embargo, el cuadro embajador solo logró empatar 0-0 con el Junior en Bogotá y quedó dependiendo del resultado del partido entre Deportivo Pasto y Deportes Tolima, camiseta futbol baratas el cual se jugaba a la misma hora. En la última fecha Millonarios se enfrentaba a Santa Fe y a su vez Atlético Nacional visitaba al Junior , Millonarios se coronaba campeón hasta los minutos de reposición, pero, Santa Fe terminó empatando el partido mientras en Barranquilla el Atlético Nacional goleaba 3-0 al Junior, lo que le quitó el título literalmente de las manos al equipo de Los Millonarios.
Terminado el primer tiempo, Millonarios perdía 0-1 en Barranquilla y Nacional era el campeón ganando 1-0 en Bogotá. El 20 de diciembre venció por 1-0 con gol de Óscar «Pájaro» Juárez al Junior en Bogotá y logró su estrella 12 con 22 puntos, dos más que el América de Cali. Al minuto 13 del segundo tiempo, Mario Vanemerak iguala para Millonarios, luego Santa Fe empata en Bogotá. En la última fecha, Millonarios perdió contra el Unión Magdalena en Santa Marta, mientras que Cali derrotó al Pasto y logró pasar a la final.
Otra vez Millonarios llegaba a la última fecha cómo virtual campeón en el Campeonato colombiano 1975, pero su camino fue interrumpido nuevamente por su rival de patio Santa Fe qué en la última fecha llegaban empatados en puntos pero Millonarios tenía mejor diferencia de goles. En la última fecha se coronaba campeón en el octogonal final con solo empatar.
Nacional ganó esa serie y en diciembre se coronó campeón al derrotar al América de Cali en la final anual. El triangular final lo disputaron Millonarios, Deportivo Cali y Atlético Junior. En el torneo finalización 2003 Millonarios, dirigido por Norberto Peluffo, camiseta 10 casi clasifica a la final del campeonato. En el Torneo Finalización el argentino Pedro Dellacha toma la dirección técnica del equipo, obteniendo el segundo lugar con 26 puntos y clasificando así a las semifinales. Otra campaña destacada de la década fue la del campeonato de 1999. Dirigidos por Luis Augusto Chiqui García, Millonarios tuvo un invicto de 29 fechas, el más grande en la historia del club, y terminó primero en el todos contra todos del torneo finalización.